Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka ketika seorang pangeran elf dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi untuk kerabat sihirnya. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan mesin pembunuh kuno, Tentara Emas yang sangat kuat, untuk membuka jalan bagi makhluk fantasi agar bisa bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang bisa menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah kehancuran umat manusia.