Pilot JSDF Akane mengalami pertemuan yang menentukan ketika Godzilla baru muncul di Tateyama. Sebagai tindakan pencegahan, cyborg bernama Kiryu dibuat dari sisa-sisa aslinya. Mesin tersebut ditemukan untuk menampung jiwa monster asli yang gelisah karena Akane juga harus belajar menemukan nilai dalam hidupnya sendiri.