Munich, Jerman, 1923. Dua tahun telah berlalu sejak Edward Elric terseret dari dunianya sendiri ke dunia kita, meninggalkan negaranya, teman-temannya, dan adik laki-lakinya, Alphonse. Dilucuti dari kekuatan alkimia, dia selama ini meneliti peroketan bersama Alphonse Heiderich, seorang pemuda yang mirip saudaranya sendiri, berharap suatu hari menemukan jalan pulang. Usahanya sejauh ini terbukti sia-sia, namun setelah membantu seorang gadis gipsi yang bermasalah, Edward dihadapkan pada serangkaian peristiwa yang dapat mendatangkan malapetaka di kedua dunia. Sementara itu, di dunianya sendiri, Alphonse Elric menjelajah lebih jauh ke dalam misteri alkimia untuk mencari cara agar bisa bertemu kembali dengan kakak laki-lakinya.